COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 6.134372 3.745243 3.629196
2021-07-15 17:00:00 5.517970 3.542415 3.578690
2021-07-14 17:00:00 4.342564 4.342564 3.490798
2021-07-13 17:00:00 3.435226 3.435226 3.377786
2021-07-12 17:00:00 3.948070 3.948070 3.267042
2021-07-11 17:00:00 3.542415 3.542415 3.142054
2021-07-10 17:00:00 2.918552 2.918552 3.000287

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 1.839588 1.839588 2.774711
2021-07-15 17:00:00 4.310345 4.310345 2.870599
2021-07-14 17:00:00 3.296703 3.296703 2.902742
2021-07-13 17:00:00 2.718287 2.718287 2.918108
2021-07-12 17:00:00 0.000000 2.880838 2.924683
2021-07-11 17:00:00 1.574307 1.574307 2.852550
2021-07-10 17:00:00 1.812367 2.864364 2.830962

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 6.097561 6.097561 3.034647
2021-07-15 17:00:00 1.501502 2.222222 3.208498
2021-07-14 17:00:00 4.950495 4.950495 3.334387
2021-07-13 17:00:00 1.282051 1.282051 3.376672
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 3.286522
2021-07-11 17:00:00 4.065041 4.065041 3.281320
2021-07-10 17:00:00 4.000000 4.000000 3.369218

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 4.466357 4.466357 2.532596
2021-07-15 17:00:00 1.882353 1.882353 2.522423
2021-07-14 17:00:00 2.779156 2.779156 2.467553
2021-07-13 17:00:00 2.243270 2.243270 2.377291
2021-07-12 17:00:00 1.664533 0.740108 2.266940
2021-07-11 17:00:00 4.268775 4.268775 2.190414
2021-07-10 17:00:00 1.019758 1.019758 2.181227

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 9.995100 9.995100 8.367374
2021-07-15 17:00:00 11.153480 11.153480 8.275098
2021-07-14 17:00:00 8.389112 8.389112 8.368311
2021-07-13 17:00:00 4.194941 6.448554 8.218598
2021-07-12 17:00:00 8.185053 3.280247 8.001433
2021-07-11 17:00:00 5.701754 8.055291 7.848642
2021-07-10 17:00:00 7.639142 10.127803 7.734293

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 14.556041 7.860262 7.331156
2021-07-15 17:00:00 12.261380 7.268722 7.288818
2021-07-14 17:00:00 6.324324 8.484409 7.090882
2021-07-13 17:00:00 4.782882 4.782882 6.803517
2021-07-12 17:00:00 14.285714 8.556925 6.583426
2021-07-11 17:00:00 7.724252 7.724252 6.379412
2021-07-10 17:00:00 7.328244 7.328244 6.151793

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 2.233677 2.233677 1.627185
2021-07-15 17:00:00 1.704545 1.704545 1.657321
2021-07-14 17:00:00 3.281250 1.562500 1.689708
2021-07-13 17:00:00 1.240695 1.240695 1.696352
2021-07-12 17:00:00 5.821918 1.637765 1.691696
2021-07-11 17:00:00 0.657895 0.657895 1.705218
2021-07-10 17:00:00 1.832461 1.832461 1.710074

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 11.899006 4.673650 5.421394
2021-07-15 17:00:00 9.067557 4.418186 5.403532
2021-07-14 17:00:00 5.990783 5.990783 5.333247
2021-07-13 17:00:00 5.502154 5.502154 5.191539
2021-07-12 17:00:00 7.547170 7.547170 5.069753
2021-07-11 17:00:00 6.278714 6.278714 4.878054
2021-07-10 17:00:00 6.738132 6.738132 4.660784

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 3.018446 1.453326 1.673652
2021-07-15 17:00:00 2.254545 2.254545 1.617570
2021-07-14 17:00:00 2.534854 2.534854 1.586004
2021-07-13 17:00:00 1.581278 1.581278 1.503772
2021-07-12 17:00:00 1.090909 0.614544 1.423854
2021-07-11 17:00:00 2.042419 2.042419 1.348469
2021-07-10 17:00:00 1.300650 1.300650 1.247550

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 4.376920 4.376920 3.180083
2021-07-15 17:00:00 4.817906 3.047547 3.023260
2021-07-14 17:00:00 4.700090 4.700090 2.800769
2021-07-13 17:00:00 3.135571 3.135571 2.603659
2021-07-12 17:00:00 1.504355 1.504355 2.379572
2021-07-11 17:00:00 2.981159 2.981159 2.187951
2021-07-10 17:00:00 2.003127 2.003127 2.015368

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 4.224208 4.224208 3.101667
2021-07-15 17:00:00 3.300330 3.300330 3.135078
2021-07-14 17:00:00 4.109589 5.119454 3.180139
2021-07-13 17:00:00 1.674641 1.674641 3.218379
2021-07-12 17:00:00 2.506964 0.803213 3.122847
2021-07-11 17:00:00 3.516682 3.516682 3.136287
2021-07-10 17:00:00 2.793296 2.793296 3.154756

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 5.778894 5.778894 2.991015
2021-07-15 17:00:00 2.695418 2.695418 2.699914
2021-07-14 17:00:00 2.020202 4.761905 2.488452
2021-07-13 17:00:00 0.000000 0.000000 2.253793
2021-07-12 17:00:00 0.854701 0.854701 2.059583
2021-07-11 17:00:00 2.023121 2.023121 1.816877
2021-07-10 17:00:00 0.000000 0.000000 1.588259

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 7.042254 7.042254 7.393787
2021-07-15 17:00:00 11.224490 6.122449 7.046934
2021-07-14 17:00:00 9.090909 9.090909 6.769766
2021-07-13 17:00:00 8.612440 8.612440 6.585691
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 6.340961
2021-07-11 17:00:00 3.437500 7.692308 6.115284
2021-07-10 17:00:00 inf 7.430341 5.782861

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 5.518395 1.421405 1.170300
2021-07-15 17:00:00 3.565891 1.085271 1.128015
2021-07-14 17:00:00 4.395604 1.190476 1.095874
2021-07-13 17:00:00 2.087683 2.087683 1.036821
2021-07-12 17:00:00 1.666667 0.390244 0.961618
2021-07-11 17:00:00 1.379310 1.379310 0.926384
2021-07-10 17:00:00 0.964187 0.964187 0.872701

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 2.680653 1.165501 1.244517
2021-07-15 17:00:00 2.543007 2.543007 1.243094
2021-07-14 17:00:00 1.758058 0.931352 1.216638
2021-07-13 17:00:00 1.360021 1.360021 1.178596
2021-07-12 17:00:00 1.080737 1.080737 1.143758
2021-07-11 17:00:00 1.365485 1.365485 1.113390
2021-07-10 17:00:00 0.630734 0.630734 1.078979

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 3.271693 3.271693 2.835967
2021-07-15 17:00:00 2.815013 2.815013 2.893343
2021-07-14 17:00:00 2.851588 2.851588 2.895165
2021-07-13 17:00:00 6.680441 3.030303 2.955249
2021-07-12 17:00:00 1.493711 3.459119 2.997880
2021-07-11 17:00:00 5.657238 2.418208 3.054340
2021-07-10 17:00:00 2.192513 2.192513 3.057758

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 5.615724 3.281027 3.307587
2021-07-15 17:00:00 4.942630 4.942630 3.182335
2021-07-14 17:00:00 6.198347 2.364555 3.006952
2021-07-13 17:00:00 4.244817 4.244817 2.855344
2021-07-12 17:00:00 7.738998 2.494497 2.666258
2021-07-11 17:00:00 3.532609 3.532609 2.529814
2021-07-10 17:00:00 2.006533 2.006533 2.308567

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 8.371286 4.261548 5.022404
2021-07-15 17:00:00 8.847118 5.037594 5.008339
2021-07-14 17:00:00 5.933251 5.933251 4.897066
2021-07-13 17:00:00 3.841060 3.841060 4.806149
2021-07-12 17:00:00 6.004804 6.004804 4.691735
2021-07-11 17:00:00 5.884244 5.884244 4.558838
2021-07-10 17:00:00 4.617605 4.617605 4.432228

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 3.532609 1.734950 1.713032
2021-07-15 17:00:00 3.402163 1.710914 1.736859
2021-07-14 17:00:00 1.837860 1.837860 1.690824
2021-07-13 17:00:00 1.625000 1.625000 1.670511
2021-07-12 17:00:00 3.565640 1.526188 1.630709
2021-07-11 17:00:00 1.866152 1.866152 1.595223
2021-07-10 17:00:00 1.485149 1.485149 1.558308

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 11.691023 3.131524 2.773916
2021-07-15 17:00:00 4.184100 4.184100 2.743189
2021-07-14 17:00:00 2.459016 2.459016 2.636833
2021-07-13 17:00:00 2.976190 2.976190 2.473442
2021-07-12 17:00:00 2.564103 0.858369 2.401621
2021-07-11 17:00:00 1.477833 1.477833 2.346739
2021-07-10 17:00:00 3.744493 3.744493 2.245985

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 2.358491 0.235849 0.140787
2021-07-15 17:00:00 0.000000 0.000000 0.130645
2021-07-14 17:00:00 0.000000 0.000000 0.153800
2021-07-13 17:00:00 0.632911 0.632911 0.143394
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 0.140074
2021-07-11 17:00:00 1.081081 0.000000 0.131352
2021-07-10 17:00:00 0.000000 0.000000 0.203659

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-16 17:00:00 10.255792 10.255792 6.313929
2021-07-15 17:00:00 6.508391 6.508391 5.881034
2021-07-14 17:00:00 5.437500 5.437500 5.762329
2021-07-13 17:00:00 6.082375 6.082375 5.482990
2021-07-12 17:00:00 5.814843 5.814843 5.262183
2021-07-11 17:00:00 4.382889 4.382889 4.999035
2021-07-10 17:00:00 4.467843 4.467843 4.757898

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.839588 1.839588 2.774711
Basilicata 6.097561 6.097561 3.034647
Calabria 4.466357 4.466357 2.532596
Campania 9.995100 9.995100 8.367374
Emilia-Romagna 14.556041 7.860262 7.331156
Friuli Venezia Giulia 2.233677 2.233677 1.627185
Lazio 11.899006 4.673650 5.421394
Liguria 3.018446 1.453326 1.673652
Lombardia 4.376920 4.376920 3.180083
Marche 4.224208 4.224208 3.101667
Molise 5.778894 5.778894 2.991015
P.A. Bolzano 7.042254 7.042254 7.393787
P.A. Trento 5.518395 1.421405 1.170300
Piemonte 2.680653 1.165501 1.244517
Puglia 3.271693 3.271693 2.835967
Sardegna 5.615724 3.281027 3.307587
Sicilia 8.371286 4.261548 5.022404
Toscana 3.532609 1.734950 1.713032
Umbria 11.691023 3.131524 2.773916
Valle d'Aosta 2.358491 0.235849 0.140787
Veneto 10.255792 10.255792 6.313929

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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